„Beast Wars Second Chou Seimeitai Transformers” przedstawia nową grupę bohaterów, którzy podróżują do postapokaliptycznej Ziemi, teraz znanej jako planeta Gaia. Cybertronowie, pod wodzą Lio Convoy, zostają wysłani na planetę, aby zbadać niezwykłą zmianę w jej zachowaniu. Muszą stawić czoło Destronom, prowadzonym przez Galvatrona, którzy pragną skonsumować bogate źródło energii planety, nazywane Angolmois.