„Blue Gender: The Warrior” to postapokaliptyczna opowieść o Ziemi opanowanej przez inwazyjny gatunek owadów zwany Blue. Główny bohater, Yuji Kaido, obudził się z hibernacji po 20 latach, nieświadomy, że świat, który znał, już nie istnieje. Zarażony tajemniczą chorobą i nadzieją na lepszą przyszłość, dołącza do grupy żołnierzy walczących przeciwko Blue.