Blue Gender to anime, którego akcja rozgrywa się w latach 30. XXI wieku, w świecie opanowanym przez przerażające owadopodobne istoty zwane Blue, które polują na ludzi i wykorzystują ich jako pożywienie. Ocalona reszta ludzkości schroniła się na gigantycznej stacji kosmicznej Second Earth. Historia przedstawia losy młodego Yuji Kaido, cierpiącego na tajemniczą chorobę znaną jako „komórki-B”, który po latach spędzonych w kriogenicznym śnie budzi się w samym środku wyniszczającej wojny między ludźmi a Blue. Yuji spotyka wojowniczkę Marlene Angel, z początku zimną i bezwzględną, która prowadzi go w stronę stacji Second Earth. Podczas niebezpiecznej podróży dwójka bohaterów nawiązuje głęboką więź emocjonalną. Anime ukazuje zarówno walkę o przetrwanie ludzi z przerażającym zagrożeniem, jak i wewnętrzną przemianę bohaterów w obliczu beznadziejnej sytuacji, tworząc atmosferę niepokojącej postapokaliptycznej walki o przyszłość ludzkości.

