„Blue Remains” to anime osadzone w post-apokaliptycznej Ziemi, na której życie na powierzchni stało się niemożliwe. Ludzkość przeżyła dzięki ukryciu się pod wodą i czeka na moment, kiedy będzie mogła powrócić na powierzchnię. Główna bohaterka, Amamiku, wraz z komputerowymi strażnikami Pyronem i Mayzamikiem, strzegą nasion zawierających DNA do odtworzenia życia na Ziemi, gdy powietrze stanie się ponownie zdatne do oddychania. Muszą się jednak zmierzyć z siłami, które nie chcą tego dopuścić.