„Blue Seed” to anime, które przenosi nas do świata, w którym zwykła dziewczyna, Momiji, odkrywa, że jest potomkiem wielkiej rodziny Kushinada. Tylko ona, z krwią Kushinada, jest w stanie powstrzymać Aragami, demoniczną, roślinopodobną potęgę grożącą zniszczeniem Japonii. Towarzyszy jej TAC – grupa specjalistów walczących z nadnaturalnymi zagrożeniami, a także możliwy romans na horyzoncie z młodym mężczyzną o imieniu Kusanagi.