Yori i jego bliźniacza siostra Iku od dziecka byli sobie niezwykle bliscy – ich więź zawsze budziła zazdrość znajomych i rówieśników. Wraz z dorastaniem Yori zaczyna zdawać sobie sprawę, że jego uczucia wobec Iku przekraczają zwykłe braterskie przywiązanie. Walcząc z bolesnym konfliktem wewnętrznym oraz społecznymi tabu, chłopak dusi w sobie sekret, który coraz ciężej jest mu ukrywać. Chociaż Yori desperacko próbuje tłumić emocje, sytuacja komplikuje się, gdy okazuje się, że także Iku czuje się zagubiona wobec zmieniających się uczuć między nimi. „Boku wa Imouto ni Koi wo Suru” porusza złożone, dramatyczne tematy w melancholijnej atmosferze, przedstawiając trudne wybory, wewnętrzne rozdarcie oraz cenę, jaką niesie za sobą zakazana miłość.
