„Bubblegum Crisis Tokyo 2040” to futurystyczna animacja, która przenosi nas do zniszczonego przez tajemnicze trzęsienie ziemi Tokio. Genom, potężna korporacja, zyskuje wpływy, dostarczając swoje sztuczne formy życia znane jako Boomers do odbudowy miasta i służenia jako klasa robotnicza dla ludzkości. Niektóre z nich jednak popadają w amok, a specjalnie stworzona AD Police jest bezradna, aby je powstrzymać. Lina Yamazaki podąża do Tokio w poszukiwaniu pracy, ale także z nadzieją na dołączenie do oddziału samoobrony o nazwie Knight Sabers, którzy pilotują wspomagane stroje, aby zniszczyć buntujące się Boomers.