„Cardcaptor Sakura: Clear Card-hen” to kontynuacja przygód Sakury Kinomoto. Po złapaniu wszystkich Kart Clow i zmienieniu ich w swoje własne Karty Sakury, dziewczyna wkracza do pierwszej klasy średniej szkoły w Tomoeda. Po zakończeniu pierwszego dnia nauki, spotyka swoją miłość – Shaorana Li, który wraca na stałe do Tomoeda i ma zamiar uczęszczać do tej samej szkoły. Kiedy jednak Sakura zasypia, widzi w swoim śnie tajemniczą postać w płaszczu oraz otacza ją aura transparentnych kart. Budzi się przerażona, tylko po to, aby odkryć, że jej Karty Sakury podczas snu stały się niewidoczne. Seryjne spotkania ze nieznanym przeciwnikiem i otrzymanie nowego magicznego klucza rozpoczynają nową przygodę Sakury.