Sakura Kinomoto rozpoczyna teraz pierwszy rok gimnazjum, a jej życie kręci się wokół szkoły, przyjaciół i ukochanego Syaorana, który właśnie powrócił z Hongkongu. Niespodziewanie wszystkie karty, które wcześniej zdobyła i których moc opanowała, stają się bezbarwne i tajemniczo tracą swoją energię. Sakura musi szybko odkryć źródło tego zjawiska i znów zostać łowczynią kart, zbierając zupełnie nowe, równie tajemnicze i potężne karty zwane „Clear Cards”. Pomagają jej w tym oddani przyjaciele, Kero-chan oraz nowa enigmatyczna postać pojawiająca się w jej snach. „Cardcaptor Sakura: Clear Card-hen” to ciepła, czarująca opowieść łącząca codzienne troski szkolnego życia, pierwszą miłość, magię i niezwykłe przygody, które przygotowują Sakurę do stawienia czoła jeszcze większym wyzwaniom i odkryciom.
