W anime Classroom of the Elite, Kiyotaka Ayanokouji i jego koledzy z klasy rozpoczynają swój drugi rok w prestiżowej Advanced Nurturing High School. Stają przed nowymi wyzwaniami egzaminacyjnymi oraz muszą zmierzyć się z nową grupą pierwszoklasistów, którzy posiadają niezwykłe cechy. Pierwszy specjalny egzamin wymaga, by pierwszoklasiści zostali połączeni w pary z drugorocznymi, a ocena końcowa obliguje tylko drugorocznych do ryzyka wydalenia w przypadku słabego wyniku testu. Co gorsza, jeden z nowych pierwszorocznych pochodzi z tajemniczego Białego Pokoju. Czy Ayanokouji zdoła uniknąć wydalenia, jednocześnie odkrywając tożsamość ukrytego przeciwnika?