Gdy Ziemia została zniszczona, według legendy, wybitny zegarmistrz Y zbudował jej zastępnika z kołów i trybików. Naoto Miura, młody chłopiec marzący o zostaniu wielkim zegarmistrzem, posiada wyjątkowy dar – wrażliwy słuch, który pozwala mu na zrozumienie mechanizmu zegarowego tylko poprzez dźwięk. Jego życie zmienia się, kiedy z nieba wpada do jego mieszkania trumna, w której znajduje się RyuZU, żeński automaton stworzony przez Y’ego.
Nadejście RyuZU prowadzi do pojawienia się w życiu Naoto Marie Bell Breguet, utalentowanej spadkobierczyni wybitnej linii zegarmistrzów, oraz jej cyborga ochroniarza Vainneya Haltera. Kiedy Naoto i Marie zostają wplątani w pełną akcji walkę o przeżycie, odkrywają niepokojącą prawdę: stworzona przez Y’ego zegarowa planeta, na której ludzkość żyła przez ponad tysiąclecie, zaczyna się rozpadać – sekret, który wiele osób gotowych jest zabić, aby go chronić.