Dziewięciu ludzi zostaje porwanych przez tajemniczą organizację Czarna Duch, która przekształca ich w eksperymentalnych cyborgów. Obdarzeni specjalnymi zdolnościami i siłą, bohaterowie buntują się przeciwko swoim oprawcom, uciekając od organizacji, która chce wykorzystać ich jako broń do dominacji nad światem. Liderem grupy zostaje Jō Shimamura, znany jako cyborg numer 009, który dysponuje niezwykłą szybkością i determinacją do walki o wolność. Zjednoczeni przez wspólne pragnienie odzyskania własnego człowieczeństwa oraz ochrony pokoju, cyborgowie walczyć będą z agentami Czarnej Duch w wielu potyczkach pełnych dynamicznej akcji oraz napięcia.
Cyborg 009 to klasyczne anime osadzone w klimacie futurystycznej science-fiction, poruszające zagadnienia moralności, tożsamości oraz ceny ludzkiego życia w świecie opanowanym przez technologię i zło czynione przez ukrytych tyranów.
