Dziewięciu ludzi różnych narodowości zostaje porwanych przez tajemniczą organizację terrorystyczną Black Ghost i przemienionych w potężne cyborgi z niezwykłymi zdolnościami. Głównym bohaterem jest Joe Shimamura, Japończyk oznaczony numerem 009, posiadający nadludzką szybkość i wyjątkowe umiejętności bojowe. Uciekając ze swych więzów wraz ze swoimi towarzyszami, grupa postanawia stawić czoła bezwzględnym planom Black Ghost i walczyć o pokój oraz wolność na świecie. W dynamicznych starciach przemieszanych z momentami moralnych dylematów, drużyna cyborgów zmaga się ze swoją straconą człowieczością i poszukuje znaczenia prawdziwej wolności. „Cyborg 009” to seria pełna akcji, dramatyzmu i przygód, łącząca motywy science fiction z przesłaniem o wartości ludzkiego ducha wobec technologicznej dehumanizacji.