W niedalekiej przyszłości, po tajemniczym fenomenie znanym jako „Brama Piekieł” pojawili się ludzie obdarzeni nadnaturalnymi umiejętnościami, nazywani Kontraktorami. Każdy z nich, w zamian za swoją moc, musi zapłacić specyficzną cenę, tracąc emocje i część własnej ludzkości. W cieniu politycznych intryg oraz walki wywiadów różnych państw ukrywa się Hei, enigmatyczny Kontraktor, operujący na zlecenie tajemniczego syndykatu. Pod pozorem cichego, zwyczajnego człowieka, Hei uczestniczy w brutalnych misjach, próbując odkryć prawdę o Bramie Piekieł i losie swojej zaginionej siostry.

Darker than Black: Kuro no Keiyakusha charakteryzuje się mroczną i tajemniczą atmosferą, osadzoną w wizji świata owładniętego nieufnością i nieustanną wojną cieni. Opowieść ukazuje moralną dwuznaczność, prywatne dramaty bohaterów oraz skomplikowane relacje pomiędzy emocjami, człowieczeństwem a obowiązkiem wobec organizacji.