„Dies Irae” to historia o Ren Fujii, zwykłym studencie, który właśnie zerwał przyjaźń ze swoim dawnym najlepszym przyjacielem po bójce. Dzięki pomocy dzieciństwa, Kasumi Ayase, i starszej koleżanki, Rea Himuro, stopniowo wraca do normalnego życia szkolnego. W międzyczasie na ich miasto spada fala brutalnych morderstw, podczas których ofiary są dekapitowane. Co dziwne, Ren zaczyna mieć przerażające sny, w których jest gilotynowany. Ale te wszystkie zdarzenia to tylko preludium do bolesnych i przerażających bitew, które mają nadejść.