„Digimon Ghost Game” to tajemnicza historia, która skupia się na zjawisku pojawiających się „Hologramowych Duchów”. Według plotek, te niewyjaśnione postaci doprowadziły do zniknięcia wielu ludzi. Młody uczeń szkoły średniej, Hiro Amanokawa, nie wierzy w te miejskie legendy. Jednakże, los postanawia go zweryfikować, gdy rzadkość tych zdarzeń zaczyna się zwiększać, przypominając mu o zniknięciu jego ojca. Razem ze swoim przyjacielem, Kiyoshirou Higashimitarai, postanawiają zgłębić tę sprawę. Nie są świadomi, że te śledztwo zaprowadzi ich do niebezpiecznego świata, nieznanego wcześniej ludzkości.