„Digimon Savers” to przygoda niepokonanego ulicznego wojownika, Daimona Masaru i buntowniczego Digimona Agumona. Spotkali się po raz pierwszy na polu bitwy i stali się przyjaciółmi w najbardziej naturalny sposób – poprzez walkę. Ten samozwańczy „najlepszy zespół” dołącza do tajnej organizacji rządowej, DATS, która śledzi tajemnicze problemy spowodowane przez Digimonów wchodzących do prawdziwego świata. Daimon i Agumon podejmują wiele misji, współpracując ze zdolnym młodzieńcem Touma Norsteinem i jego Digimonem Gaomanem, a także serdeczną Yoshino „Yoshi” Fujeda i jej Digimonem Lalamonem. W miarę jak przybywa Digimonów w ich świecie, zaczyna się wyłaniać mroczniejsza prawda, której muszą stawić czoła.