„Digimon Xros Wars” przenosi nas do świata cyfrowych potworów, który jest w stanie wojny. Zły Bagra Army usiłuje zdobyć fragmenty Code Crown. Ten, kto zgromadzi wszystkie 108 fragmentów, zostanie królem świata cyfrowego.
Bohaterem anime jest Taiki Kudou, miłośnik piłki nożnej, który zawsze stara się pomagać potrzebującym. Pewnego dnia, wraz z przyjaciółmi Akari Hinomoto i Zenjirou Tsurugi, słyszy głos wołający o pomoc. Ta sytuacja prowadzi go do spotkania z Digimonem o imieniu Shoutmon, który został ciężko ranny. Dzięki Xros Loader, tajemniczemu urządzeniu, Taiki ratuje życie Shoutmona, ale zostaje wciągnięty do świata cyfrowego razem ze swoimi przyjaciółmi.
Zdecydowani przeciwdziałać złym siłom Bagra Army, Taiki i jego przyjaciele dołączają do Shoutmona i lokalnych Digimonów, tworząc swoje własne wojsko o nazwie Xros Heart. Teraz muszą stawić czoła przeciwnościom, zbierając fragmenty Code Crown i pokonując Bagra Army. Czy Taiki i jego przyjaciołom uda się stanąć na wysokości zadania w tej wojnie potworów?