„Dr. Stone” to historia o Taiju Ooki, który planuje wyznać swoją miłość Yuzuriha Ogawa. Jednak zamiast tego, obaj wraz z całym światem zostają przemienieni w kamień przez święcącą zielonkawym światłem katastrofę. Kilka tysiącleci później Taiju budzi się w świecie, gdzie ludzkość zniknęła, a natura odzyskała swoje prawa. Odkrywa, że jego naukowo zorientowany przyjaciel Senkuu także przeżył. Razem z Taiju tworzą mocny duet, który odnajduje metodę na odrodzenie petryfikowanych ludzi. Czy uda im się przywrócić cywilizację tylko za pomocą nauki, mimo przeciwności losu? Tajemnica powodu petryfikacji ludzkości wciąż pozostaje niewyjaśniona.