Pewnego dnia cały świat dotyka tajemnicza katastrofa, powodując nagłe, niewyjaśnione skamienienie wszystkich ludzi. Minęło ponad trzy tysiące lat, zanim genialny nastolatek, Senkuu Ishigami, przebudził się z kamiennego snu. Zdeterminowany, by przywrócić ludzkości dawną świetność, Senkuu postanawia odbudować cywilizację od podstaw—używając jedynie potęgi nauki. Wspólnie ze swoimi sprzymierzeńcami musi stawić czoła licznym przeciwnościom, od dzikiej natury po groźnych przeciwników, którzy mają odmienne wizje przyszłości świata. Dr. STONE to dynamiczna opowieść o sile rozumu, przyjaźni oraz ludzkiej determinacji, łącząca w sobie elementy przygodowe, komediowe oraz naukowe. Jak Senkuu poradzi sobie z tym niezwykłym wyzwaniem? Czy uda mu się odnaleźć odpowiedź na zagadkę petrifikacji i uratować skamieniałą ludzkość?