„Edens Zero” to opowieść o Shikim, który przez całe swoje życie otoczony był maszynami w dawno opuszczonym parku rozrywki Granbell Kingdom. Wszystko zmienia się, gdy przybywają Rebecca Bluegarden i jej kocur Happy – pierwsi odwiedzający Granbell od stu lat. Ich celem jest tworzenie zabawnych filmów na ich kanał B-Cube, ale zamiast tego znajdują przyjaciela w nieśmiałym Shiki.
Kiedy Granbell staje się zbyt niebezpieczny, razem wyruszają w podróż przez Kosmos Sakury. Chcą tworzyć jeszcze ciekawsze filmy, a nawet odnaleźć tajemniczą boginię Mother. Shiki, napędzany słowami swojego zmarłego dziadka, pragnie zdobyć nowych przyjaciół, a przede wszystkim odkryć nieskończoność kosmicznej przestrzeni. Oczywiście, podróż nie będzie łatwa, ponieważ nikt wcześniej nie widział Mother, ale Shiki jest zdeterminowany, aby osiągnąć swój cel.