Akcja „Eureka Seven AO: Jungfrau no Hanabana-tachi” rozgrywa się w tym samym świecie co główna seria „Eureka Seven AO”. Historia koncentruje się wokół drużyny Pied Piper, elitarnej grupy młodych pilotów odpowiedzialnych za ochronę świata przed tajemniczymi zagrożeniami znanymi jako Scub Coral. Głównym bohaterem opowieści jest Ao Fukai, młody chłopak o niezwykłym pochodzeniu i zdolnościach pilotażu, który wraz z drużyną udaje się na misję do urokliwego regionu Jungfrau w Szwajcarii. Tam, oprócz zwalczania zagrożenia, zespół musi stawić czoła własnym wątpliwościom, ambicjom i sekretom, które stopniowo wychodzą na jaw. W tle widowiskowych starć z zagrożeniami ze strony Scub Coral, anime skupia się na osobistych i emocjonalnych zmaganiach bohaterów, nadając całości ton refleksyjny i melancholijny, przeplatany momentami przyjaźni, odwagi i nadziei.
