Po odkryciu zagrożenia, które może zakończyć dzieje ludzkości, organizacja Chaldea postanawia podjąć desperacką próbę ocalenia świata. Aby tego dokonać, wysyła młodego mistrza Ritsukę Fujimaru oraz jego sługę Mash Kyrielight do przeszłości – starożytnego Babilonu ery mezopotamskiej. W tej epoce ludzie pozostają pod nieustannymi atakami groźnych bestii demonów, które zagrażają całej cywilizacji. Bohaterowie spotykają słynnego króla Gilgamesha, władcę rządzącego miastem Uruk, który prowadzi desperacką walkę obronną przeciwko siłom zła. Odwaga, lojalność oraz determinacja są testowane w czasach, gdy legendarni bohaterowie przemierzają Ziemię, a losy świata wiszą na włosku. „Fate/Grand Order -Zettai Majuu Sensen Babylonia-” to epicka opowieść fantasy, pełna akcji, emocji i mitologicznych nawiązań, pokazująca starcie ludzkości z potężnymi siłami zagłady.