„Flag” to anime osadzone w azjatyckim kraju rozdartym wojną domową. Pomimo interwencji ONZ, konflikt wydaje się nie mieć końca, aż do momentu, gdy przypadkowo wykonane zdjęcie symbolizujące pokój przyspiesza proces pokojowy. Fotografia przedstawia flagę, która staje się symbolem pokoju. Jednak tuż przed sfinalizowaniem porozumienia pokojowego, flaga jest kradziona przez zbrojną grupę ekstremistów, dążących do sabotowania rozejmu. W celu odzyskania flagi, ONZ wysyła Specjalne Dowództwo Rozwoju (SDC) wraz z fotoreporterem, Saeko Shirasu, który zrobił zdjęcie flagi. Ich misja pełna jest niebezpieczeństw i niespodzianek.