Hidomi Hibajiri to zdezorientowana dziewczyna, która nigdy nie zdejmuje słuchawek. Jej całe życie to szkoła, pomoc w kawiarni matki i muzyka. Jednak jej monotonne dni zostają zakłócone, kiedy zostaje potrącona przez tajemniczą kobietę z gitarą. Tego samego wieczora do pokoju Hidomi wdziera się robot w towarzystwie chłopaka z jej klasy, Ko Ide. Wszyscy są ścigani po mieście, zanim ratuje ich tajemnicza kobieta z gitarą. Jednak teraz na czole Hidomi pojawia się róg? Kto wie, skąd się biorą te roboty, kim jest ta dziwna kobieta z gitarą i co to za rzecz na jej czole, ale wygląda na to, że Hidomi nie będzie mogła zignorować wszystkiego, tylko zasłaniając się słuchawkami. FLCL Progressive to tajemnicza i pełna akcji opowieść o dojrzewaniu i nieprzewidywalności życia.