Minęły lata od wydarzeń przedstawionych w oryginalnej serii FLCL. Fabuła „FLCL Progressive” skupia się na Hidomi Hibajiri, młodej dziewczynie, która prowadzi monotonne i pozbawione celu życie w niewielkim mieście. Każdy dzień przypomina poprzedni, aż do momentu, gdy w jej życie wkracza ekscentryczna Haruko Haruhara – tajemnicza postać na skuterze Vespa. Gdy na świecie ponownie pojawiają się niezwykłe zjawiska i zagrożenia, Hidomi musi stawić czoła dorastaniu i zmierzyć się z własnymi emocjami oraz ukrytymi pragnieniami, które w niej drzemią. Pełna dynamicznej akcji, absurdalnego humoru i psychodelicznej estetyki, seria kontynuuje tematy dorastania oraz poszukiwania własnej tożsamości, jednocześnie rozwijając niezwykłą atmosferę oryginalnego FLCL.
