Życie licealistki Kany Koumoto płynie spokojnie w towarzystwie trzech najlepszych przyjaciółek, w zwyczajnym mieście bez większych niespodzianek. Dni upływają monotonnie, wypełnione szkołą, rozmowami w kawiarni oraz nieśmiałym marzeniem o przyszłości. Jednak pewnego dnia wszystko się zmienia, kiedy ekscentryczna, tajemnicza kobieta o imieniu Haruko Haruhara nagle wkracza w codzienność dziewczyn, burząc ich rutynę i wprowadzając chaos oraz absurdalne sytuacje. Kiedy wokół nich dzieją się coraz dziwniejsze zjawiska, Kana będzie musiała stawić czoła nie tylko zagadkowym mocom, ale także własnym uczuciom i strachom przed dorastaniem. „FLCL Alternative” to pełna surrealistycznego humoru i energicznej animacji opowieść o przyjaźni, pokonywaniu niepewności i odkrywaniu własnej drogi ku dorosłości w stylu typowym dla serii „Furi Kuri”.
