„Flying Witch” to anime o praktyce czarostwa, której rytuał mówi, że kiedy czarownica kończy 15 lat, musi opuścić swój dom i udać się na samodzielne studia. Makoto Kowata, młoda czarownic, opuszcza dom rodzinny w Yokohamie w poszukiwaniu wiedzy i szkolenia. Wraz ze swoim towarzyszem – czarnym kotem Chito – rusza do Aomori, regionu ukochanego przez czarownice z powodu jego obfitości w naturę i bliskości z magią. Makoto zamieszkuje wraz ze swoimi drugimi kuzynami, Kei Kuramoto i jego młodszą siostrą Chinatsu. Chociaż Makoto zdaje się być zwyczajną licealistką, jej osobliwe i ekscentryczne zainteresowania czarostwem wyróżniają ją na tle osób w jej wieku.