„Freezing Vibration” to kontynuacja walki przeciwko NOVA, znanym z poprzedniego sezonu jako groźne istoty stanowiące zagrożenie dla ludzkości. Chevalier, organizacja walcząca z NOVA, wprowadza nowy projekt E-Pandora, mający na celu przekształcenie zwykłych ludzi w Pandoras – super-ludzi zdolnych do walki z NOVA. Pandora z całego świata, w tym Satellizer, Kazuya i Rana, są zapraszane do bazy na Alasce, aby zaobserwować ten nowatorski projekt. W miarę upływu czasu jednak, E-Pandora Project zaczyna budzić coraz więcej wątpliwości…