Ziemi grozi ciągłe zagrożenie ze strony tajemniczych istot pozaziemskich zwanych Nova. Przeciwstawiają się im młode wojowniczki, określane jako „Pandory” – dziewczęta poddane zaawansowanemu genetycznemu treningowi, które narażając się na niebezpieczeństwo chronią ludzkość przed zagładą. Do ich wsparcia przydziela się partnerów o specjalnych umiejętnościach, tzw. Limiterów.
Historia skupia się na Kazuya Aoi, chłopaku rozpoczynającym życie w akademii szkolącej Pandory, gdzie spotyka Satellizer el Bridget, piękną, lecz samotniczą wojowniczkę z problematyczną przeszłością, nazywaną „Nietykalną Królową”. Początkowe trudności w relacji między nimi stopniowo ustępują miejsca wzajemnemu szacunkowi i lojalności, gdy stają w obliczu narastających ataków potworów Nova oraz rywalizacji wśród szkolnych rywali. Pełne akcji i dramatycznych wydarzeń Freezing ukazuje trudne wybory, walkę z własnymi słabościami oraz konieczność pracy zespołowej w obliczu śmiertelnego zagrożenia.
