Fuuto Tantei: Kamen Rider Skull no Shouzou to historia rozwijająca tajemnice stojące za powstaniem Pamięci Gaia oraz początki walki prowadzonych przez Kamen Ridera W. Tokime, ciekaw odpowiedzi na te pytania, słucha opowieści Shoutarou, który wspomina swojego mentora, Soukichiego Narumi.
Akcja rozgrywa się w Fuuto, Wietrznym Mieście, gdzie tajemnicze postacie zwane Dopantami zaczynają wykorzystywać moce Pamięci Gaia. Młody Shoutarou, będący asystentem detektywa Soukichiego, stara się podążać jego śladami, mimo że czuje się niedoświadczony. Niezadowolony z braku postępów, nie zdaje sobie sprawy, że jego mentor prowadzi podwójne życie jako Kamen Rider Skull. Gdy Narumi Detective Agency odbiera telefon z zagadkowym zleceniem, Shoutarou trafia na trop, który zmieni nie tylko jego życie, ale także początki działalności Kamen Ridera W.
Opowieść odkrywa przeszłość i związane z nią emocje, które doprowadziły do narodzin legendarnego detektywa, złożonego z dwóch osób – Shoutarou i Philipa. W ten sposób ujawnia się pełen obraz tej pasjonującej historii.