„Gate: Jieitai Kanochi nite, Kaku Tatakaeri Part 2” to kontynuacja tajemniczych wydarzeń w „Specjalnym Regionie”, gdy napięcie między Cesarstwem a JSDF rośnie. W międzyczasie, porucznik Youji Itami i jego grupa wielbicielek zmagają się z rozgrywkami politycznymi, które nękają dwór Cesarstwa. Pomimo starań, Księżniczka Piña Co Lada ma trudności z przekonaniem swojego ojca, że JSDF nie zamierza podbijać ich królestwa. Itami musi zastanowić się nad jeszcze bardziej drastycznymi środkami, aby wypełnić swoją misję.