Członkowie klubu Genshiken powracają, kontynuując swoje codzienne życie pełne pasji, związanej z kulturą mangi, anime oraz gier komputerowych. Tym razem fabuła koncentruje się mocniej na relacjach między członkami klubu oraz na ich osobistym rozwoju. Sasahara Kanji, będący obecnie przewodniczącym, wraz z resztą grupy stara się utrzymać klub w dobrej kondycji, jednocześnie mierząc się z problemami typowymi dla młodych ludzi – od nieśmiałości i pierwszych miłości, po wybory dalszej drogi życiowej. Serial w lekki, humorystyczny, lecz również realistyczny sposób przedstawia wyzwania dorosłości i specyfikę subkultury otaku, ukazując głębsze relacje między bohaterami oraz ich zmagania z akceptacją swoich zainteresowań w środowisku akademickim.
