„Godzilla 3: Hoshi wo Kuu Mono” to historia rozgrywająca się na początku XXI wieku, gdzie ludzkość przegrała bitwę o Ziemię ze stworzeniem znanym jako Godzilla. Zmuszeni do opuszczenia planety w poszukiwaniu nowego domu, ludzie wracają po 20 000 lat, tylko po to, aby znaleźć Ziemię zarządzaną przez największego Godzillę w historii. Kapitan Haruo walczy, aby pokonać Godzillę i odzyskać planetę dla ludzi, spotykając na swojej drodze plemię Houtua – potomków człowieka. Twórcy filmu wprowadzają szereg intrygujących niespodzianek i wyzwań. Jednak, czy ludzkość ma szansę przetrwać?