Po dramatycznych wydarzeniach, które opustoszyły Ziemię i dały ją we władanie gigantycznemu stworowi znanemu jako Godzilla, ludzkość podejmuje desperacką próbę odzyskania utraconej planety. Haruo Sakaki wraz z garstką ocalałych trafiają do ruin niegdyś dumnego miasta, przekształconego w tajemniczą, technologiczną strukturę na krawędzi bitwy. To właśnie w tym miejscu dowiadują się o istnieniu legendarnego Mechagodzilli, mechanicznej broni stworzonej przez ludzi do walki z Godzillą. Wobec największego zagrożenia, jakie do tej pory widział świat, bohaterowie stają przed trudnymi decyzjami, oscylującymi pomiędzy pragnieniem zemsty a koniecznością przetrwania gatunku ludzkiego. W mrocznej atmosferze ciągłego zagrożenia rodzi się napięcie, a każda decyzja może zaważyć na losach przyszłości całej ludzkości.
