„Green Green” to anime, które przenosi nas do malowniczej okolicy Japonii, gdzie znajduje się Kanenone Gakuen – szkoła z internatem dla chłopców. Istnienie wyłącznie męskiej szkoły nie jest niczym nowym, ale życie może stać się dość trudne, gdy przez wiele kilometrów wokół nie ma żadnych dziewczyn. Z troski o psychiczne zdrowie wszystkich uczniów, zarząd szkoły postanowił połączyć się z najbliższą szkołą dziewcząt. Przed podjęciem poważnej decyzji dziewczyny zostają zaproszone na miesięczny pobyt w Kanenone.
„Green Green” toczy się wokół Yuusuke Takazaki i jego niegrzecznych współlokatorów – potocznie zwanego Baka Trio. Kiedy autobus ze szkoły dla dziewcząt przybywa, rzeczy zaczynają się robić dziwne, hormonalne i histeryczne. Właśnie wtedy dziewczyna o imieniu Midori Chitose wyskakuje z autobusu i natychmiast obejmuje zdezorientowanego Yuusuke. Czy jest naturalnym uwodzicielem, czy też oboje mają wspólną historię, o której on nie wie?