Yuuji Kazami, enigmatyczny uczeń o tajemniczej przeszłości, zostaje przeniesiony do wyjątkowej szkoły Mihama Academy. Instytucja ta, odizolowana od świata zewnętrznego, przyjmuje zaledwie piątkę innych uczennic, z których każda skrywa własne mroczne sekrety i bolesną przeszłość. Mimo początkowej izolacji Yuuji stopniowo zbliża się do dziewcząt, próbując zrozumieć ich uczucia oraz trudności, przed którymi stoją. Choć pragnie jedynie spokojnej codzienności, szybko zostaje wciągnięty w skomplikowane i dramatyczne historie koleżanek, zmuszając go do konfrontacji z własnymi demonami. Grisaia no Kajitsu łączy w sobie elementy dramatu psychologicznego, romansu i akcji, przedstawiając intensywną, emocjonalną podróż pełną tragedii, nadziei i tajemnic, które stopniowo wychodzą na światło dzienne.