W alternatywnej Japonii ery feudalnej, broń palna współistnieje z magią, tworząc świat pełen chaosu oraz niezwykłych pojedynków. Słynny szermierz Miyamoto Musashi, znany dotąd ze swojej niezrównanej techniki miecza, przemierza kraj z niezwykłą bronią w dłoniach – samurajską bronią palną. Musashi musi zmierzyć się z potężnymi wrogami, demonicznymi siłami oraz własnymi słabościami, dążąc do doskonalenia techniki „Gun-dō”, drogi samuraja łączącej siłę ostrza z niezwykłą potęgą prochu i magii. Towarzysząc mu grupa barwnych postaci, bohater próbuje obronić Japonię przed pogrążeniem się w mroku. Gun-dou Musashi to pełen akcji i dynamicznych pojedynków serial łączący elementy historyczne z fantastyką, niestroniący od humoru oraz widowiskowych starć.