Rok 1864, Japonia epoki Edo. Chizuru Yukimura, młoda dziewczyna z Edo, podróżuje samotnie do Kioto, aby odszukać swego ojca, słynnego naukowca medycznego. Po przybyciu do pogrążonej w chaosie stolicy zostaje przypadkowo wciągnięta w walkę, zakończoną nagłym atakiem dziwnych istot. Jej życie ratują członkowie tajemniczej grupy samurajów—Shinsengumi. Trafiając w sam środek zawirowań burzliwej polityki i brutalnych starć, Chizuru szybko dowiaduje się, że odnalezienie ojca nie będzie łatwe, a za sprawą jego tajemniczych badań zmienia się jej los.
„Hakuouki Shinkai: Kaze no Shou” opowiada emocjonalną historię pełną walk, przyjaźni oraz dramatu, wzbogaconą o elementy nadprzyrodzone. Na tle barwnej japońskiej historii i wojennej zawieruchy, Chizuru i Shinsengumi stają przed trudnymi wyborami, starając się zachować honor, lojalność i własne ideały w obliczu nieuchronnych zmian.
