Mimiru jest entuzjastyczną i pełną energii młodą graczką popularnej sieciowej gry MMORPG zwanej „The World”. Pewnego dnia, spacerując uliczkami niezwykłego wirtualnego świata, przypadkowo poznaje samotnego gracza imieniem Bear, który opowiada jej tajemniczą historię związaną z przeszłością gry. Wkrótce Mimiru, zaintrygowana oraz chcąca zbliżyć się do prawdy o skrywanych sekretach, wspólnie z Bear rozpoczyna poszukiwania mające na celu poznanie ukrytych aspektów gry oraz znaczenia wirtualnej rzeczywistości dla ludzi, którzy w niej przebywają. W świecie obfitującym w tajemnice, zagadki i cienie z przeszłości, para bohaterów spotka się z wyzwaniami dotykającymi istoty ludzkich emocji i tożsamości. „.hack//Intermezzo” stanowi krótką, lecz klimatyczną historię o poszukiwaniu własnej drogi, granicach między rzeczywistością a iluzją oraz rzeczywistych więziach rodzących się niezależnie od tego, po której stronie ekranu się znajdujesz.
