„Hamatora The Animation” to anime, w którym specjalne moce, zwane „Minimum”, są darowane tylko wybranym ludziom. Agencja detektywistyczna Yokohama Troubleshooting, znana krótko jako Hamatora, składa się z duetu śledczych z „Minimum Holder PI Duo”, Nice i Murasaki. Biurem tej pary, jak i ich współpracowników, jest samotny stół w Cafe Nowhere, gdzie czekają na nowych klientów. Nagle, zlecenia, które otrzymują, zdają się mieć dziwne połączenie z seryjnym mordercą, którego szuka ich przyjaciel Art, policjant. Ofiary morderstw mają jedną wspólną cechę: są posiadaczami „Minimum”. Nice i Murasaki, sami będący posiadaczami, zostają wciągnięci w tę sprawę – ale jaka jest dokładnie więź między Nice a osobą, która wszystko orkiestruje?