Po przeniesieniu się do nowego miasta, nastoletnia Tetsuko „Alice” Arisugawa szybko odkrywa dziwną legendę miejską o tajemniczym morderstwie jednego ze szkolnych uczniów. Zaciekawiona plotkami, Alice postanawia bliżej poznać tę sprawę. Wkrótce poznaje nieśmiałą sąsiadkę Hanę Arai, dziewczynę, która od dawna nie wychodzi z domu i zdaje się wiedzieć więcej o wydarzeniu, niż ktokolwiek przypuszcza. Razem rozpoczynają własne śledztwo, aby rozwiązać zagadkę domniemanego morderstwa i odkryć więcej na temat wydarzeń z przeszłości. W lekki, momentami zabawny, a przy tym subtelnie nostalgiczny sposób, „Hana to Alice: Satsujin Jiken” przedstawia historię przyjaźni, dorastania oraz odkrywania prawdy, która często okazuje się zupełnie inna niż głoszą miejskie legendy.
