„Harmony” to postapokaliptyczne anime, które pokazuje społeczeństwo po globalnej wojnie jądrowej. Po półwieczu od koszmarnego kataklizmu, Światowa Organizacja Zdrowia przejmuje władzę na całym świecie, kompletnie przedefiniowując społeczeństwo. Ludzie stają się publicznymi zasobami gwarantowanymi na szczęśliwe życie. Rozwój medycyny, technologii nanomaszyn i rzeczywistości rozszerzonej sprzyja trosce o zdrowie człowieka.
W takim świecie, uczennica liceum, Miach Mihie, decyduje się sprzeciwić wartościom społecznym, które uważa za dehumanizujące. Razem z dwoma przyjaciółkami, Miach planuje popełnić samobójstwo w dniu, w którym jej system nadzoru zdrowia stanie się aktywny. Jednak jeden z jej przyjaciół zdradza pakt, pozwalając na przetrwanie Tuan Kirie, podczas gdy Miach zostaje uznana za zmarłą.
Trzynaście lat później Tuan, teraz wysoki rangą inspektor organizacji Helix, jest wysyłana z powrotem do Japonii, aby zbadać falę masowych samobójstw i rozprawić się z tajemniczą organizacją terrorystyczną, która stoi za tym bezprecedensowym atakiem.