„Aoki Hagane no Arpeggio: Ars Nova” osadzone jest w alternatywnej przyszłości, gdzie w wyniku globalnego ocieplenia znacznie podniósł się poziom mórz i oceanów. W roku 2039 na Ziemi pojawiła się tajemnicza „Flota Mgły” – inteligentne okręty wojenne dysponujące zaawansowaną i potężną technologią, które szybko zdominowały morza, blokując ludzkości dostęp do oceanów i powietrza. 17 lat później Gunzō Chihaya, były student Japońskiej Narodowej Akademii Morskiej, zostaje kapitanem okrętu podwodnego I-401, należącego do wojskowej grupy zwanej „Blue Steel”. Niezwykłość sytuacji polega na tym, że I-401 jest jednostką przejętą od Floty Mgły, obdarzoną humanoidalnym awatarem – dziewczyną o imieniu Iona, która zdecydowała się przejść na stronę ludzi. Gunzō, wyruszając z ważną misją dostarczenia prototypowej broni mogącej przełamać dominację Floty Mgły, musi stawić czoła licznym przeciwnościom. Seria łączy wartką akcję z momentami refleksji na temat współistnienia człowieka z technologią, przedstawiając porywające starcia morskie i interesujące relacje między ludźmi a humanoidalnymi reprezentacjami okrętów.