W odległej przyszłości globalne ocieplenie doprowadziło do zalania większości powierzchni Ziemi, zmuszając ludzi do życia w unoszących się na wodzie miastach. W tym nowym świecie młoda Maia Mizuki marzy o dołączeniu do elitarnej Agencji Oceanicznej, jednak niespodziewany obrót wydarzeń pozostawia ją bez pracy i dachu nad głową. Zdesperowana, Maia znajduje zatrudnienie w nietypowej firmie o nazwie Nereids, zajmującej się wyjątkowo ryzykownymi zadaniami – od poszukiwań i odzysku obiektów do ochrony i działań na pograniczu prawa. „Hikari to Mizu no Daphne” łączy pogodny humor i przygodę z subtelnymi elementami science-fiction, opowiadając historię dziewczyny próbującej odnaleźć swoje miejsce w bogatym, wodnym świecie pełnym tajemnic i niebezpieczeństw.

