„Houkago Midnighters” to historia trzech młodych dziewczyn – Mako, Miko i Mutsuko, które odwiedzają szkołę podstawową St. Claire, pełną tajemniczych legend. Wypadkowo spotykają Kunstrijk – model anatomiczny ciała człowieka, oraz Goth – model szkieletu. Obydwaj nawiedzają nauczalnie nauk przyrodniczych, która ma być niedługo wyburzona. Kunstrijk, pragnąc zemścić się za zniszczenia, które spowodowały dziewczynki, zaprasza je na szkolną północną imprezę, aby je przestraszyć. Razem piątka wyrusza na poszukiwanie trzech mitycznych medali, które mogą spełnić życzenie – ocalić naukę dla pokojów.