Akcja serii toczy się w magicznie tajemniczej Akademii Kamome, słynącej z siedmiu szkolnych legend. Po zakończeniu zajęć szkolnych Hanako-kun, duch chłopca rezydujący w jednej z łazienek na trzecim piętrze, oraz jego znajomi zostają wciągnięci w kolejne zabawne, pełne wdzięku przygody. W spokojniejszym, po zajęciach lekcyjnych, czasie bohaterowie wraz z młodą dziewczyną Nene Yashiro i towarzyszami odkrywają codzienne życie Akademii i mierzą się z drobnymi, aczkolwiek nadprzyrodzonymi problemami jej uczniów. W lekkiej, humorystycznej atmosferze „Houkago Shounen Hanako-kun” ukazuje nieznaną, bardziej beztroską stronę znanych szkolnych legend, mocniej akcentując ciepłe relacje między bohaterami oraz komediowe sytuacje wynikające zarówno z ich nadprzyrodzonej natury, jak i dojrzewającej młodości.
