Akademia Kamome znana jest ze swoich niezwykłych plotek o tajemniczych duchach szkolnych. Jeden z takich duchów, Hanako-san, według legendy czai się w damskiej toalecie na trzecim piętrze starego budynku. Kiedy ciekawska uczennica Nene Yashiro próbuje wezwać Hanako-san, zamiast zjawy dziewczynki pojawia się tajemniczy chłopak-duch imieniem Hanako-kun. Wkrótce okazuje się, że Hanako to nie tylko zwykła legenda, ale strażnik równowagi pomiędzy światem duchów a ludźmi. Nene, która przypadkowo wiąże się z Hanako paktem, zostaje wciągnięta w rozwiązywanie nadnaturalnych zagadek i sekretów akademii, próbując jednocześnie radzić sobie z problemami typowego licealnego życia. Jibaku Shounen Hanako-kun to komediowa, pełna tajemnic i magii opowieść, w której humor przeplata się z subtelnymi elementami grozy, a szkolne legendy nabierają życia.