W odległej przyszłości ludzkość eksploruje kosmos dzięki zaawansowanej technologii umożliwiającej przeniesienie świadomości człowieka do robotycznych awatarów, zwanych I-Machines. Fabuła toczy się wokół młodej studentki Akademii Kosmicznej, Mikuri Maii, która podczas jednej z misji niespodziewanie zostaje oddzielona od swojego ciała i zmuszona jest przyłączyć się do załogi statku kosmicznego piratów. Wśród nich poznaje tajemniczego mężczyznę imieniem Ido, który na stałe żyje wyłącznie jako I-Machine, nie pamiętając swojej przeszłości ani własnej tożsamości. Razem z nowymi towarzyszami Maia musi stawić czoła zagrożeniom kosmosu oraz kwestii własnej tożsamości i istoty ludzkiej świadomości. ID-0 to pełna akcji opowieść science fiction o odkrywaniu sekretów wszechświata, poszukiwaniu prawdy o sobie i granicach pomiędzy człowiekiem a maszyną.
