W roku 2035 eksperyment biologiczny znany jako A.I.C.O., stworzony do wytworzenia sztucznego i inteligentnego organizmu komórkowego, kończy się katastrofą nazwaną „Burst”. W wyniku zdarzenia Kurobe Gorge zostaje odizolowane i opanowane przez niekontrolowany wzrost syntetycznych organizmów zwanych Matter. Dwa lata później licealistka Aiko Tachibana odkrywa, że jej obecna tożsamość może być kopią dziewczyny uwięzionej w centrum tragedii. Kiedy prawda dotycząca jej pochodzenia i przeszłości zaczyna wychodzić na jaw, enigmatyczny uczeń Yuya Kanzaki oferuje jej pomoc. Wraz z profesjonalnym zespołem nurków (Divers) wyruszają ku tajemniczemu „Primary Point”, sercu katastrofy, by odkryć prawdę i powstrzymać niebezpieczeństwo. Pełna emocji, napięcia i tajemnic, seria eksploruje tematy ludzkiej tożsamości, technologii oraz granic ludzkiego ciała i umysłu.
